新鮮なフルーツなどを日本に輸入したい場合は、前のページで紹介した検疫所食品監視課による審査に加えて植物防疫所の検査が加わります。 役所の名前が似ていますが、検疫所は厚生労働省の一機関、植物防疫所は農林水産省の一機関です。 
 日本に元々棲息していない害虫や小動物が輸入品に紛れて日本に上陸し、農産物や植林が被害に遭っているというニュースを耳にすることがありますが、植物防疫所はこのような事態を防ぐ役割を担っています。 この使命を担って植物防疫所は、貴社が輸入したフルーツ等に病害虫が付いていないかを検査します。 従ってサンプルだけではなく、輸入した実物全体が検査の対象になります。 また輸入時の検査で発見が難しい病害虫が付きやすい植物に関しては、輸出国の検査証明書が求められます。
 同じフルーツでも、ドライフルーツや加工されたフルーツは植物防疫検査の対象になりません。